Stejně jako v předchozím Pět nocí s Freddym Ve hrách hráči převezmou roli strážce pracujícího na noční směně na sesterském místě původní Pizzerie Freddyho Fazbeara. V sesterské lokalitě je k dispozici nová animatronica Funtime pro představení Funtime Auditorium.

Hráč musí přežít pět nocí, stejně jako v ostatních hrách. Každou noc se strážce potýká s problémy, protože někteří animatronikové začínají ožívat v čele s Ballorou, novou balerínou animatronickou.

Noční stráž je před Ballorou varována dalším oživeným animatronem, Circus Baby. Vysvětlí mu, jak je posedlá a že se často pokoušejí animatrony „opravit“ tím, že je „vyhrabou“ v nabírací místnosti. To zahrnuje vyjmutí jejich endoskeletu a jejich umístění do nové jednotky. Circus Baby však vysvětluje, že i po návštěvě naběračky jsou stále rozbití.

Ukázalo se, že Funtime Freddy, Funtime Foxy a Ballora – spolu s několika dalšími – zabíjeli lidi ve Funtime Auditorium. Během čtvrté noci, kdy dva opraváři přijdou opravit Balloru, ona a Foxy je nakonec zabijí a pověsí na pódium, kde obvykle vystupují.

Noční stráž je přemluvena Circus Baby, aby se ji pokusil „opravit“ v opravně. Poté, co Baby vyndal čip Circus Baby, přesvědčí nočního strážce, aby zamířil do místnosti pro nabírání, ale je zklamán Ballorou, která se ho pokouší zabít. Strážný se nemá jak bránit, protože všechna světla jsou zhasnutá, ale Baby přesvědčí Ballora, že noční stráž je tam, aby jim pomohla a nechala ho žít.

Stráž je poté nasměrována tmou směrem k nabírací místnosti, kde Circus baby odhalí svůj velkolepý plán: protože manažeři neustále vybírají animatroniku poté, co lidé mají nehody nebo kolem nich zemřou, animatronické loutky se rozhodly, že budou muset utéct, ale nemohli. Nedělej to v oblecích. Circus Baby přišel s plánem přesvědčit nočního strážce, aby jí pomohl, a že ona mu na oplátku pomůže přežít. Poté, co se noční hlídač dostane do nabírací místnosti, Baby použije naběračku, aby nočního strážce vykuchala a převzala jeho tělo.

Hra končí ukázkou nočního hlídače zpět doma, zírajícího do zrcadla. Předtím, než hra odezní do titulků, se strážnému rozzáří oči a odhalí, že je posedlý Circus Baby.

V jednom z tajných konců, jak zaznamenal RabidRetrospectGames, noční stráž se může odvážit do soukromé místnosti přes Funtime Auditorium místo toho, aby šel během páté noci do místnosti pro nabírání. Pokud se to podaří, strážný skončí v soukromé místnosti, která má monitory a bezpečnostní panely, aby se animatorniky nedostaly ven.

Samostatná část hry naznačuje, že noční stráž bude příští den vyhozen za to, že šel do soukromé místnosti, ale nejprve musí přežít noc proti animatronikům, kteří ho přijdou dostat, zvláště těm, kteří se nyní cítí zrazeni.

Na konci směny se strážný vrátí domů a začne sledovat televizi. Po shlédnutí jeho programu ho však jeden z animatroniků z nabírací místnosti následuje domů a kráčí před ním, zatímco obrazovka ztmavne.

Některé teorie tvrdí, že Ennard převzal Babyin hlas poté, co byla v nabírací místnosti a pokusila se nalákat nočního strážce do nabírací místnosti, aby převzal jeho tělo. Je vysvětleno, že oči nočního hlídače odrážejí na konci při pohledu do zrcadla Ennardovy oči a ne oči Baby.