Divize má ve hře několik různých hlavních frakcí, které přispěly k destabilizaci města New York. Tři hlavní zloduchové frakce jsou Rikers, což jsou uprchlí vězni z Rikers Island, The Cleaners, což jsou zabijáci, kteří se potulují po New Yorku a snaží se „uklidit“ New York, a LMB, skupina žoldáků, která se zbláznila.
Rikers jsou jednou z hlavních zloduchů, proti kterým se utkáte na konci hry GhostRobo provádí poslední misi Rikers a ukazuje, co se stane s hlavní šéfkou skupiny Larae Barrettovou. Je to 24 minut dlouhé video, na které se můžete podívat níže.
Zjevné spoilery jsou zřejmé.
Hráči se musí utkat s The Rikers, skupinou zločinců z vězení Rikers Island.
Kapitán Benitez chce, aby hráči před dokončením mise zachránili některé z jeho mužů. V Lexingtonském centru událostí jsou tři rukojmí zajatá The Rikers.
Hráči se přesunou do Lexingtonského centra událostí, aby zlikvidovali The Rikers a zachránili všechny přeživší rukojmí. Hráči po cestě najdou několik ozvěnových nahrávek, aby viděli, co se stalo v budově a jak Rikers mučili a zabili spoustu policistů a dalších lidí, když byli v budově, to vše pod vedením vůdce The Rikers Larae Barrett.
Poté, co se skupina hráčů přesune přes Lexinton Event Center, aby se dostala do hlavní haly, nakonec po osvobození rukojmích odstraní The Rikers a jejich vůdce Laerae Barrett. Jakmile mise skončí, hráči mohou opustit Lexington Event Center s vědomím, že The Rikers byli poraženi.
Druhý hlavní konec spočívá v tom, že doktorka Jessica Kandel vysvětluje herecké postavě, že se připravuje vakcína proti viru, který pronikl New Yorkem, a že další podobný virový útok už nemohou přežít. Očekává, že se hráč vypořádá se silami, které by mohly riskovat šíření viru... znovu. Můžete se podívat na hodinové video od MKIceAndFire, který pokrývá hlavní končící mise a závěrečnou kinematografii.
Hráči si budou muset promluvit s velitelem JTF a vzít si zpět centrum OSN od žoldáků LMB, což vyžaduje projít podzemní tunelovou oblastí a odpálit se do garáže montážního střediska OSN.
Hlavním cílem se stává útok na Spojené národy a neutralizace LMB, známého také jako The Last Manhattan Battalion, což je soukromá vojenská skupina vedená Charlesem Blissem.
Nicméně, LMB nakonec zradí Aaron Keener, agent divize AWOL, který věří, že LMB „skončili“ a rozhodne se vzít ruského imunologa a uprchnout. Bliss nařídí svým mužům, aby vzali Keenera, a vyjde z úkrytu, aby se setkal se svými muži v budově generálního shromáždění OSN.
Hráči zjistí, že Bliss je mimo úkryt a rozhodnou se ho sundat, zatímco splachují síly LMB. Bliss se bohužel podaří uprchnout v helikoptéře a dostat se pryč ze střechy budovy.
Postavy hráčů se nakonec dostanou na valnou hromadu a přistoupí k notebooku, kde se ukáže, že LMB hlídá „všechny“. Po přístupu k datům se Bliss vrací do budovy Organizace spojených národů ve svém vrtulníku a krouží po nádvoří, aby vyhladil síly JTF.
Hráči se naposledy zapojí do bitvy s Blissem v epickém boji těsně před OSN, když se staví jako vrtulník Blackhawk odpalující rakety a střílející na hráče přes nádvoří. Hráči mohou využít věže kolem nádvoří spolu se svými standardními zbraněmi k sejmutí Blissova vrtulníku.
Po vyjmutí vrtulníku narazí do nedaleké budovy, rozletí se na kusy a přitom zabije velitele Charlese Blisse.
Kapitán Benitez blahopřeje skupině hráčů k poražení vůdce LMB a poznamenává, že hlavní hrozby pro New York byly poraženy. To pak vede k tomu, že hráči mají možnost podílet se na konečném obsahu hry, jako je například Dark Zone.
Aaronovi Kennerovi se však podaří s ruským lékařem uprchnout a JTF ho stále hledají spolu s bioteroristou Gordonem Amherstem, kterému se také podařilo uprchnout.
I když se zdá, že je to konec, ukázalo se, že poblíž temné zóny je vysílán neznámý signál. Když hráči jdou prozkoumat neznámý signál, zjistí se, že ten, kdo vysílá signál, není nikdo jiný než Aaron Kenner, Divize Agent dezertér. Keener tam ve skutečnosti není osobně, ale zanechal echo zařízení, které vysvětluje jeho záměry. Vysvětluje, že být v divizi bylo jako zůstat na vodítku a že když se regionem prohnal virus Černého pátku, mohli přežít pouze trestanci, zabijáci a PMC a že on byl jedním z přeživších.
Keener má imunologa spolu se vzorkem DNA a „knihou receptů“ založenou na Amhertově biochemickém výzkumu a plánech na sepsání vlastních pravidel. Ozvěna končí tím, že Keener říká, že hráčská postava by se měla „do této věci dostat“, než opustí byt a vysílat signál.
Po opuštění bytu je tu další krátká video poznámka obsahující Amherstovy osobní poznámky o viru, který byl vyzvednut z notebooku v bytě. Ve videu vysvětluje, jak viry fungují a jak lze viry využít k ovládání populace. Amherst věří, že virus rozhodne o tom, kdo bude žít a kdo zemře a kdo si zaslouží přežít. Video zakončí slovy, že uvidí hráče v pekle.
