Telltale Games dokončili druhou sezónu Batman: Nepřítel uvnitř. Bez ohledu na to, jak sezóna skončí, je to pro Batmana i Jokera výbušný, viscerální, krvavý konec. Rychlá rekapitulace událostí pro ty, kteří hru nesledovali po celou sezónu, najdete stručnou rekapitulaci vysvětlených konců Batman: Nepřítel uvnitř tady.

Sezóna začíná tím, že The Riddler terorizuje určité jedince v Gothamském kriminálním podzemí. Batman se zaplete a podaří se mu podmanit si Riddlera poté, co Riddler zabil Luciuse Foxe. Riddler je zabit hned poté, co mu Batman zabránil ve vypouštění cílených raket na Gotham. I když je kolem toho záhada, kdo zabil Riddlera, později se ukáže, že Luciusova dcera Tiffany použila jednoho ze svých dronů propletených jedovatou šipkou k zabití Riddlera, aby se mu pomstila za zabití jejího otce.

Kromě toho, v závislosti na tom, jak Bruce zachází s Tiffany, určí, zda se nakonec spojí s Amandou Wallerovou jako agentka, nebo jestli se připojí k Batmanovi jako pomocník.

Během sezóny musí Batman žonglovat mezi tím, že je Temným rytířem, a tím, že je Bruce Wayne, přičemž druhý z nich je Amandou Wallerovou z Agentury nucen jít v utajení jako zločinec ve skupině známé jako The Pact, kterou tvoří Harley Quinn, Mr. Freeze a Bane. Waller využívá identitu Batmana/Bruce Wayna, aby ho přiměl, aby pro ni trochu pracoval.

Pakt zesílí svou hrůzu na Gothamu poté, co je Riddler zabit, protože se ukáže, že Harley Quinn se snaží získat sérum na virus, který by mohl být použit k zabránění tomu, aby podlehla duševní nemoci jako její otec. Přístup k séru měl pouze Riddler, ale po jeho smrti má Harley smůlu.

Bruce zůstává v utajení s Paktem, aby narušil jejich plány zevnitř. Spolupracuje s dalším členem The Pact, Johnem Doe, se kterým se původně setkal v Arkham Asylum během první sezóny.

John je psychicky labilní, ale Bruce si oblíbí poté, co si ti dva pomáhali během nepokojů, když byli v Arkham Asylum. Podle toho, jestli je Batman/Bruce milý a důvěřivý Johnovi, určuje, jak se vyvine.

Zatímco Bruce a John jsou součástí Paktu, který zahrnuje Harleye, Banea a pana Freeze, John se do Harley zamiluje a dělá vše, co je potřeba, aby ji potěšil. Snaží se pomoci Bruceovi a zároveň plní úkoly, které mu předloží Harley.

Nakonec se věci začnou hroutit a Pakt imploduje, když proti nim Amanda Waller zasáhne pomocí Agentury. Věci mezi Harleyem a Agenturou vyvrcholí, když se střetnou na můstku, kde Harley hrozí, že na všechny na můstku použije smrtící virus.

Klíčový okamžik se odehrává, když se John i Bruce chtějí dostat k Harleymu, ale hrstka Wallerových agentů skončí mrtvých a John se Bruce ptá, jestli věří, že agenty chladnokrevně nezabil. Pokud Bruce věří Johnovi, pak se oba spojí, aby zastavili Harleye na mostě, ale Waller Johna zradí a John nakonec skočí z mostu, aby nebyl zabit. Pokud se Bruce rozhodne Johnovi nedůvěřovat, pak se John vydá z hlubin a obviní Bruce/Batmana, že zradil svou důvěru a použil ho pouze jako prostředek k zastavení Paktu. John půjde na můstek, ale místo toho, aby zastavili Harleye, dvojice společně vyhoří most do povětří a před skokem z mostu se obejmou v polibku.

Finále se odvíjí dvěma drasticky odlišnými způsoby v závislosti na tom, jak se vztah Bruce a Johna vyvíjel v průběhu sezóny. Pokud se Bruce a John spojí jako hlídači, kde si John změní jméno na Joker. Waller nakonec zacílí na oba z nich, protože se obává, že John je stále hrozbou, což vede k tomu, že Batman a Joker spolupracují na zničení Wallerova provizorního Sebevražedného oddílu složeného z Banea, Harleye a Catwoman.

Batman je při střetu těžce zraněn, když Joker spadne z hlubin pomocí výbušnin ve snaze zabít Wallera, což způsobí zhroucení střechy, když se Batman pokouší zastavit vybuchování bomb.

Catwoman nakonec pomáhá Batmanovi, který je blízko smrti poté, co byl při pádu nabodnut. Joker zajme Waller během chaosu na střeše a snaží se ji donutit, aby se přiznala ke smrti Riddlera, aniž by věděl, že Tiffany ve skutečnosti zabila Riddlera. Těžce zraněný Batman se utká s Jokerem v továrně Ace Chemicals, kde se Batmanovi podaří zachránit Wallera a Tiffanyho během střetnutí s Jokerem. Několik agentů se pokouší Jokera podmanit, ale on je zabije noži. Během boje Joker používá mnoho taktik a technik, které se naučil od Batmana během jejich společného tréninku, což má za následek, že Batman utrpí ještě větší poškození, protože tito dva mají poslední krvavou konfrontaci zahrnující nože a batarangy.

Na cestě padoucha se Joker a Harley spojí, aby terorizovali Gotham. Harley stále chce sérum a rozhodne se použít virus jako způsob, jak vykoupit bezpečnost Gothamu výměnou za sérum, chce také mrtvého Batmana. Joker ví, že neexistuje žádné sérum a že Bruce Wayne je ve skutečnosti Batman, ale rozhodl se před ní tyto informace utajit, aby jí zůstal nablízku. Ti dva chodí zabíjet – Harley s úmyslem získat sérum a Joker to dělá jako způsob, jak vrátit Bruceovi za zradu jejich přátelství.

Joker vymyslí propracovaný plán, jak mučit Bruce kvůli jeho zradě, zajmout Jima Gordona a donutit ho, aby nalákal Batmana do pasti. Výměnou dá Joker Gordonovi mapu Gothamu, kde jsou umístěny všechny bomby obsahující virus. Joker však vystřelí Gordonovi kolena, takže nemůže bomby zastavit příliš rychle. Joker svlékne Bruce z jeho batmanovského brnění a poté nechá Bruce projít zábavným domem, kde byli zajati Selina, Tiffany a Alfred. Joker je nutí hrát hru na téma důvěry, aby mohl potrestat Bruce za to, že ho zradil.

Bruce a Selina se podaří bránit Harleymu a Jokerovi. Bruce a Joker bojují v celém zábavném domě a Jokerovi se podaří Bruce několikrát bodnout, než je vyřazen. Bruce se pokouší oživit Jokera poté, co si myslel, že zabil Jokera, ale Joker se probudil a bodl Bruce do boku. Ti dva leželi na zemi, kde Bruce řekl Jokerovi, že mu zlomil srdce tím, že změnil jejich přátelství v něco ošklivého, ale Joker odhalí, že jelikož nemohli být přáteli, byli by krásnými nepřáteli.

V záporném konci je Joker viděn v Arkham Asylum, jak si hraje s panenkou, kterou vyrobil z Bruce, nanáší si na ni rtěnku a mluví sám se sebou. V závěru Vigilante je Joker viděn v Arkham Asylum, ale dostane nečekanou návštěvu Bruce Wayna, která mu vykouzlí úsměv na tváři.

V obou koncích se Alfred rozhodne, že už má Batmana dost a rozhodne se odejít. Bruce má možnost buď se vzdát Alfreda, aby mohl pokračovat v boji proti zločinu jako Batman, nebo se vzdát Batmana, aby Alfred zůstal.